Sant Joan Sescloses és un d'aquells indrets de l'Alt Empordà que passen força desapercebuts, però que tenen molta història.
És una petita església aïllada, envoltada de camps i antics aiguamolls, a prop de Castelló d'Empúries i dins del terme de Peralada.
El que més crida l'atenció és que els seus orígens es remunten, com a mínim, a l'alta edat mitjana, i podria haver-hi restes d'una història encara més antiga.
Una mica d'història:
Cap a l'any 780: segons les hipòtesis històriques, l'abat Àtal hauria revitalitzat petites comunitats religioses en aquesta zona.
Any 866: ja consta documentalment com una cel·la monàstica dependent del monestir de Sant Esteve de Banyoles.
Any 1064: el bisbe de Girona va consagrar l'església i se'n va consolidar la funció parroquial.
Any 1596: va perdre la categoria de parròquia i va quedar vinculada a Santa Maria de Castelló d'Empúries.
Segle XX: l'edifici, que havia quedat molt malmès, es va reparar després de la Guerra Civil.
Durant unes obres de neteja del 1969 es van descobrir elements preromànics amagats sota l'arrebossat. També s'hi va trobar un fragment de marbre blanc amb relleus que podria pertànyer a un sarcòfag paleocristià.
Els historiadors plantegen la possibilitat que hi hagués hagut un mausoleu romà tardà a l'indret o a prop, però no s'ha demostrat. És una pista arqueològica interessant, no una prova que hi hagués un assentament romà allà mateix.
